Departament Przedsiębiorstw Energetycznych zajmuje się przede wszystkim procesem koncesjonowania działalności gospodarczej w zakresie wytwarzania, przesyłania, dystrybucji i magazynowania oraz obrotu paliwami i energią elektryczną. Prowadzi postępowania administracyjne i przygotowuje projekty decyzji w sprawie udzielenia, zmiany, cofnięcia lub stwierdzenia wygaśnięcia koncesji na prowadzenie działalności gospodarczej, a także nakazujących dalsze prowadzenie działalności po wygaśnięciu koncesji. Do zadań Departamentu należy również kontrolowanie przestrzegania warunków prowadzenia działalności objętej obowiązkiem uzyskania koncesji.

DPE prowadzi postępowania administracyjne i przygotowuje projekty decyzji w sprawie wyznaczenia operatorów systemów przesyłowych, dystrybucyjnych, magazynowania paliw gazowych, skraplania gazu lub operatorów systemu połączonego, a także w sprawie udzielania zgody na budowę gazociągu bezpośredniego lub linii bezpośredniej.

Ponadto Departament Przedsiębiorstw Energetycznych wśród swoich zadań ma także uzgadnianie planów wprowadzania ograniczeń w poborze energii elektrycznej oraz prowadzenie postępowań administracyjnych w sprawie zatwierdzania planów wprowadzania ograniczeń w poborze gazu ziemnego.

Do zadań Departamentu należy również wydawanie i umarzanie świadectw pochodzenia energii elektrycznej wytwarzanej w źródłach odnawialnych i w wysokosprawnej kogeneracji, we współpracy z operatorami systemu elektroenergetycznego i towarową giełdą energii. DPE monitoruje także realizację przez przedsiębiorstwa energetyczne obowiązku uzyskania i przedstawienia do umorzenia świadectw pochodzenia, świadectw pochodzenia z kogeneracji oraz uiszczenia opłat zastępczych.

Do podstawowych zadań Departamentu należy zaliczyć także monitorowanie rynku biokomponentów, paliw ciekłych i biopaliw ciekłych, w tym również w zakresie realizacji Narodowego Celu Wskaźnikowego.

Departament zajmuje się rozpatrywaniem wniosków i przygotowaniem aktów powołania i odwołania komisji kwalifikacyjnych, tj. komisji sprawdzających kwalifikacje osób zajmujących się eksploatacją sieci oraz urządzeń i instalacji energetycznych.